Krypta należy do jednych z najstarszych miejsc na Jasnej Górze. Jest na pewno starsza niż sama Kaplica Matki Bożej, której znany nam dzisiaj kształt nadano w XVII wieku. Powstała być może nawet już w XV wieku. Przez środek krypty przebiega ściana i tutaj znajduje się 36 wnęk. Paulini, żyjący według surowej reguły św. Augustyna, jeszcze do ubiegłego wieku zachowywali specjalny rodzaj pochówku, pozbawiony nagrobków ziemnych. Zmarłego wystawiano w skromnej, drewnianej trumnie w kościele, żeby można było pożegnać się z nim i odprawić nabożeństwo żałobne, po czym znoszono ciało do podziemi, gdzie układano je na desce z kamieniem pod głową i zamurowywano w niszach. Po około stu latach wnęki opróżniano, a prochy wsypywano do specjalnych urn.

W jasnogórskich kronikach zapisano informację o trwającym siedem godzin nabożeństwie żałobnym odprawionym 13 października 1836 roku, podczas którego do wspólnego grobu złożono prochy pochowanych tam wcześniej paulinów. Powstały nowe nisze, w których spoczęli m.in. o. Pius Przeździecki, generał Zakonu Paulinów w okresie II wojny światowej oraz o. Piotr Markiewicz, przeor Jasnej Góry w czasie I wojny światowej i późniejszy wieloletni generał Zakonu.

W najbardziej zaszczytnym miejscu, pod ołtarzem Matki Bożej, spoczęły zwłoki o. Augustyna Kordeckiego, bohaterskiego obrońcy klasztoru. W drugiej połowie XX w. jego prochy przeniesione zostały do szklanej niszy w lewej ścianie Kaplicy.

Założone w końcu XIV wieku na Jasnej Górze kościół i klasztor od początku pełniły także funkcję nekropolii - były miejscem grzebania zasłużonych duchownych i świeckich. W samej Kaplicy Matki Bożej jest kilka XVII-wiecznych nagrobków kryjących szczątki dobrodziejów sanktuarium, pod posadzką bazyliki pochowanych jest ok. 90 osób. Do tzw. dużego kościoła przylegają dwie prywatne kaplice grobowe: Denhoffów i Jabłonowskich. Kaplica Aniołów Stróżów została przebudowana w latach 1751-54 r. na mauzoleum grobowe Stanisława Jabłonowskiego, wojewody rawskiego. Natomiast Kaplica św. Pawła I Pustelnika to mauzoleum grobowe rodziny Denhoffów. W krypcie pod kaplicą znajduje się około 20 trumien z wieku XVII i XVIII z prochami członków rodziny Denhoffów. Tam także spoczywają też prochy kilku mnichów paulińskich.

Od 1968 roku paulini z jasnogórskiego klasztoru chowani są poza obrębem sanktuarium. Na miejskim cmentarzu św. Rocha znajdują się dwa paulińskie grobowce. Starszy ozdobiony jest wizerunkiem Maryi Jasnogórskiej. Nad nowszym góruje figura Chrystusa Zmartwychwstałego.

Inną, obok otwarcia krypty, jasnogórską tradycją związaną z dniem Wszystkich Świętych są popołudniowe nieszpory z procesją w intencji zmarłych w bazylice jasnogórskiej. W następnych dniach w Kaplicy Matki Bożej odprawiane będą Msze św. wspólnotowe - za ojców i braci paulinów, za rodziców i krewnych paulinów oraz za zmarłych dobrodziejów i przyjaciół Jasnej Góry.

Zabytkowe krypty w Kaplicy Matki Bożej zobaczyć można do końca listopada.