Alain Paul Lebeaupin urodził się 2 marca 1945 r. w Paryżu. Święcenia kapłańskie przyjął 28 czerwca 1975 r. i należał do prezbiterium diecezji w Nicei. Był doktorem prawa kanonicznego. Od 1979 r. pracował w watykańskich służbach dyplomatycznych: przy ONZ w Nowym Jorku, w Dominikanie i w Mozambiku. W Sekretariacie Stanu w latach 1989-1998 zajmował się pracami Organizacji Bezpieczeństwa i Współpracy w Europie (OBWE). Jednocześnie przez ponad dwa lata był też chargé d’affaires nuncjatury przy Wspólnotach Europejskich.

7 grudnia 1998 r. św. Jan Paweł II mianował go nuncjuszem apostolskim w Ekwadorze. Sakrę biskupią ks. Lebeaupin przyjął 6 stycznia 1999 r. z rąk Jana Pawła II. Od 14 stycznia 2005 roku był nuncjuszem apostolskim w Kenii, gdzie był jednocześnie stałym obserwatorem przy instytucjach ONZ w Nairobi. 23 czerwca 2012 roku Benedykt XVI mianował go nuncjuszem apostolskim przy Unii Europejskiej. Przeszedł na emeryturę 16 listopada 2020 roku. W marcu br. papież Franciszek mianował go konsultorem Sekcji ds. Relacji z państwami w Sekretariacie Stanu.